1.治疗选择
(1)弥漫型，胆管内腔<4mm，无论黄疸是否严重，皆宜选用非手术治疗方法。有适当条件时，宜行肝移植术，避免无效的手术处理。
(2)局部型、节段型，肝外胆管>4mm，黄疸严重者，可行手术治疗。
(3)胆管完全闭塞或长期梗阻性黄疸，造成肝功能不良而出现腹水、水肿者，可先行非手术治疗，效果不显著时可进行手术探查，但预后不良。
(4)手术后可采用中西医结合方法治疗，以巩固疗效。
(5)随着治疗内镜技术的发展，其在治疗原发性硬化性急性化脓性胆管炎上的应用越来越广泛。
2.药物治疗
(1)免疫抑制药：皮质激素已被广泛用于原发性硬化性急性化脓性胆管炎的治疗，如泼尼松(强的松)40～60mg/d，连服数周至数月后疗效明显。皮质激素不仅能抑制炎症反应，减轻胆管壁纤维化，而且具有直接利胆、减轻黄疸的作用。有人报告低剂量甲氨蝶呤(氨甲蝶呤)治疗原发性硬化性急性化脓性胆管炎有效。Mayo临床中心对新一代免疫抑制药(环胞素A)的研究也取得了进展。
(2)利胆药：考来烯胺(消胆胺，Cholestyramine)具有胆盐结合作用，能缓解病人的皮肤瘙痒，但不能改变其病理过程。也有报告服用熊去氧胆酸，以抑制胆固醇的生物合成，且与卵磷脂结合形成一种混合晶体，使过饱和的胆固醇可溶性增加，改善胆汁的流动性。
(3)抗生素：当病人出现急性化脓性胆管炎，腹痛、发热等情况时，应加用抗生素治疗，但多不主张长期使用。
(4)青霉胺：因促进尿铜的排泄而起治疗作用(有研究发现原发性硬化性急性化脓性胆管炎的病人肝内铜水平增高)，但其确切疗效仍有待进一步证实。
(5)抗纤维化药物：秋水仙碱具有抗纤维发生、抑制胶原合成的作用，对肝硬化有较好疗效，故有人试用于治疗原发性硬化性急性化脓性胆管炎。但病例尚少，难以作出结论。